⑴ 什麼樣的基因適宜物種進化的系統發育關系分析
從物種的一些分子特徵出發，了解物種之間的生物系統發生的關系，通過核酸蛋白序列的同源性比較進而了解基因的進化以及生物細統發生的內在規模律。
同源性是指從一些數據中推斷出發的兩個基因或蛋白質序列具有共同先祖的結論，屬於質的判斷，是將待研究序列加入一組與之同源、但來自不同物種的序列口進行多序比較，以確定該序列與其它序列間的同源性大小，常用的多序列比對程序有C l u s t a l-Al i g n m e n t等，它與B l a s t的局部匹配搜索不同，多序列比對大多採用全局比對的演算法，這對於採用計算機程序的自動多序列比對是一個非常復雜且耗時的過程，特別是在序列數據多且序列長的情況下。
分子進化研究的理論基礎是在各種不同的發育譜系及足夠大的進化時間尺度中，許多序列的進化速率幾乎是恆定不變的。實際上，雖然很多時候存在爭議，但是分子進化的確能闡述一些生物系統發生的內在規律。