⑴ 什么样的基因适宜物种进化的系统发育关系分析
从物种的一些分子特征出发，了解物种之间的生物系统发生的关系，通过核酸蛋白序列的同源性比较进而了解基因的进化以及生物细统发生的内在规模律。
同源性是指从一些数据中推断出发的两个基因或蛋白质序列具有共同先祖的结论，属于质的判断，是将待研究序列加入一组与之同源、但来自不同物种的序列口进行多序比较，以确定该序列与其它序列间的同源性大小，常用的多序列比对程序有C l u s t a l-Al i g n m e n t等，它与B l a s t的局部匹配搜索不同，多序列比对大多采用全局比对的算法，这对于采用计算机程序的自动多序列比对是一个非常复杂且耗时的过程，特别是在序列数据多且序列长的情况下。
分子进化研究的理论基础是在各种不同的发育谱系及足够大的进化时间尺度中，许多序列的进化速率几乎是恒定不变的。实际上，虽然很多时候存在争议，但是分子进化的确能阐述一些生物系统发生的内在规律。