A. 以xtc為後綴名的文件是什麼
.xtc文件是通過trjconv命令將軌跡文件.trr（是軌跡文件，包含坐標，速度，力等）壓縮成的可用ngmx分析的文件。提取數據時一般用的是.trr
xtc中坐標信息輸出一般更詳細（輸出頻率高）。。
xtc比trr文件大的原因：
mdp文件中控制輸出的參數設置：
寫到trr文件中的參數設置：nstxout（坐標），nstvout（速度），nstfout（力），
寫到xtc文件中的參數設置：nstxtcout（坐標）
nstxtcout應該要比前三者小很多吧，所以盡管xtc文件只存儲坐標信息，但是還是比trr文件大
想了解更多，請到論壇： http://www.mdbbs.org
B. 如何用VMD將軌跡文件製作動畫
PS 打開動畫窗格，一張張的畫
如果是圓形簡單，把三角放到圓邊上（畫成矢量的，點陣圖會在變形中模糊掉），CTRL+T 中心點拖到圓心，頂部調角度 最好能被360整除，小鍵盤回車 CTRL+ALT+SHIFT+T ，反復按 就能得到一圈三角了， 然後在動畫窗格里建多個幀，選中各個幀 點掉不要的三角層前面的眼睛，最後另存為WEB－〉選GIF
如果是不規則軌跡，那就只能復制多個三角，自行排列，後面一樣
C. 您好 請問具體如何用vmd打開.xtc文件呢
xtc文件是通過trjconv命令將軌跡文件.trr（是軌跡文件，包含坐標，速度，力等）壓縮成的可用ngmx分析的文件。提取數據時一般用的是.trr xtc中坐標信息輸出一般更詳細（輸出頻率高）。。 xtc是開發工具生成的文件，普通用戶不需要去打開，
D. 用vmd將gromacs軌跡轉換為動畫
1 壓縮gromacs的trr軌跡文件
#因為trr格式的軌跡文件包含軌跡 坐標x, 速度v和力f的信息(二進制, 全精度, 可移植)，因此佔用內存較大。我們把trr格式軌跡壓縮成只含坐標x信息的xtc格式可大大減少內存。
gmx trjconv -f md_0_1.trr -s md_0_1.tpr -o md_0_1.xtc -pbc nojump -ur compact -center
兩次選擇 0
2 導入軌跡文件至VMD
打開window下的VMD軟體，打開命令行面板（VMD|Extensions|TK Console)將軌跡.pro文件和軌跡.xtc文件導入
首先要切換工作路徑（工作路徑中不能出現中文和空格，斜杠為雙斜杠\\或者反斜杠/）
cd E:\\molecular_docking\\gromacs_chainCD_2
vmd md_0_1.gro md_0_1.xtc
3 調整軌跡顯示方式
A：去掉坐標系 VMD|Display|Axes|off
B：將背景改為白色 VMD|Graphics|Colors|Display|Background|8white
C：改變圖形的展示方式 VMD|Graphics|Representations
Coloring Method選項——選擇著色的方式 我們這里選擇ResType(殘基類型）
Drawing Method選項——選擇結構呈現的方式 我們這里選擇Ribbon
Graphics|Representations|Trajectory 面板中調節Trajectory Smoothing Windows Sizes 可以調節殘基運動快慢 我們這里設置為15
D：VMD|Display light0 light1 light2 light3選項可以調節結構顯示的亮度
E：VMD|Display|Rendermode|GLSL
4 對齊軌跡中的蛋白分子
A: 選VMD|mouse|move|molecule，可以移動分子，然後按住shift拖動分子調整分子與坐標軸的相對朝向，以使得繞著坐標軸的某個軸轉動時可以把感興趣的區域顯示出來。B: VMD|extension|analysis|RMSD trajectory tool，直接點Align，這樣後續的幀中的結構就都向著最初幀的分子朝向對齊了
最終調節出來的樣子：
5 製作movie
A：在空間充足的盤中新建一個文件夾用來存放之後製作動畫的截圖
B：打開製作動畫的操作面板（VMD|Extensions|Visualization|Movie Maker）
Movie settings選擇Trajectory
Format選擇MPEG-1或者AVI
setting working directory 選定你要存放截圖的目錄
C：點擊Make Movie即可,在指定的目錄下產生許多*.bmp文件
#VMD是將視頻一幀一楨形成圖片格式輸出，然後再在另一個軟體VideoMach中組成動畫，因此圖片就是做動畫的來源，既然圖片選擇snapshot（快照），那也就是說必須將動畫置於窗口，而不能最小化，否則相當於無法截屏。窗口大小則決定了截圖的大小
6 利用VideoMach製作動畫
A： 打開VideoMach軟體
B：導入之前保存的截圖 （File|Open Media Files）
選擇之前保存截圖的路徑——選擇第一幀圖像 *.00001.bmp——「open entire sequence starting with the image」打開這個路徑下一系列的文件
C：保存動畫file|save as選擇保存路徑和保存格式，格式一般選擇wmv和AVI。
參考：
科研筆記4：如何用VMD將軌跡文件製作動畫 <http://blog.sina.com.cn/s/blog_63f794950101dtte.html>
使用VMD製作Movie <https://wenku..com/view/c51f753b192e45361066f557.html>
製作VMD動畫（中文版）/Pymol 動畫
<http://kangsgo.com/239.html>
E. xtc轉成dcd文件
1、首先要做的是將gmx產生的xtc軌跡文件轉換成dcd格式的軌跡文件，Bio3D只支持dcd軌跡文件。
2、其次可以利用vmd進行，利用vmd載入新分子。
3、最後選擇xtc軌跡文件，然後將軌跡另存為dcd文件即可。
F. 打開.XTC文件，要用什麼軟體
xtc文件是通過trjconv命令將軌跡文件.trr（是軌跡文件，包含坐標，速度，力等）壓縮成的可用ngmx分析的文件。提取數據時一般用的是.trr
xtc中坐標信息輸出一般更詳細（輸出頻率高）。。
xtc是開發工具生成的文件，普通用戶不需要去打開，就算打開了也沒有能力去修改。
G. 在VMD中如何將幾個後綴名為xyz的文件合成一個文件,在VDM中動畫演示
首先是需要用來著色的軌跡文件，單幀或多幀的都行，文件名為mp.pdb 這里要說明一下：文件名的後綴必須是VMD能識別的，建議使用pdb格式或xyz格式的（VMD默認就能打開的格式）。
打開VMD，成功導入軌跡文件或分子文件，VMD main窗口，file?save coordinatesSelected atoms 選擇 all；File type選擇 pdb,或xyz。Frames下面用默認的就行。格式轉換後的文件存在VMD的安裝主目錄下。
其次為用於給原子著色的數據文件，就是想讓原子按哪些數值顯示顏色，命名為user.data 數據文件的名字無所謂，但其格式有要求，數據文件里的數值只有單一的一列，而且從第一個值到最後一個值必須與軌跡文件中的原子一一對應，數值之間不能空行。</ol>